حکومت ترکیه در نظر دارد که مکاتب ترک را در بیرون از مرزهای آن کشور ببندد که مکاتب افغان – ترک نیز در این زمره شامل می‌شود.
مکاتب ترکیه در بیرون از آن کشور، از سوی جریان سیاسی فتح الله گولن تمویل و مدیریت می‌شود، شخصیکه به ادعای مقام‌های ترکی، طراح اصلی کودتای نافرجام اخیر در آن کشور است.
اسدالله حنیف بلخی وزیر معارف افغانستان با نگرانی از بسته شدن مکاتب افغان – ترک گفته است که تا کنون حکومت ترکیه رسماً تقاضای بستن مکاتب افغان ترک را نکرده است، اما به گفتۀ وی حکومت افغانستان هرگز نخواهد گذاشت که شاگردان این مکاتب بی سرنوشت شوند.
اما بشیر احمد ته‌ینج سخنگوی حزب جنبش به رهبری جنرال عبدالرشید دوستم معاون اول ریاست جمهوری افغانستان گفت که سفیر ترکیه در دیدار اخیر با مقام‌های آن حزب از احتمال بسته شدن مکاتب افغان – ترک خبر داد.
آقای ته‌ینج گفت که آقای دوستم که یکی از طرفداران مکاتب افغان – ترک است و اکنون در ترکیه به سر می‌برد، با مقام‌های ترک در تماس است تا با یک تلاش هماهنگ و روش بهتر، در مدیریت این مکاتب تغییر وارد کرده و از انسداد آن جلوگیری کند.
نخستین مکتب افغان ترک در سال ۱۹۹۵ در افغانستان گشایش یافت و اکنون شمار آن به ۲۰ مکتب می‌رسد که در آن حدود ۸۵۰۰ شاگرد درس می‌خواند. تا کنون بیش از ۵۰۰۰ شاگرد از مکاتب افغان - ترک فارغ شده است.
نعمان اردوغان رئیس عمومی مکاتب افغان - ترک گفت که این مکاتب به دور از هر گونه اندیشه و فعالیت سیاسی به تدریس شاگردان ادامه می‌دهند. او افزود که بزرگان افغانستان بهتر از هر کسی سود این کشور را دانسته و در مورد سرنوشت مکتب‌های افغان – ترک تصمیم خواهند گرفت.
حکومت ترکیه از سایر کشورها به شمول پاکستان و کمبودیا نیز خواسته است که مکاتب ترکیه را ببندند، اما برخی از این کشورها به این درخواست پاسخ رد داده اند.
رجب طیب اردوغان، رئیس جمهور ترکیه، تعهد کرده است تا همه نهادهایی را که با فتح الله گولن ارتباط دارد، هدف قرار دهد.
آقای اردوغان روز پنجشنبه حین صحبت در اتاق‌های تجارت ترکیه از تصمیم خود برای قطع کامل رابطۀ تمام تاجران با سازمان سیاسی آقای گولن خبر داد.
آقای اردوغان گفت "دستان گولن با خون آغشته است ... هر سنت که به تحریک فتح الله گولن می رود، به مثابۀ مرمی در خوابگاه تفنگ است که بالای ملت ترکیه، شلیک می شود".
با وصف اتهامات مقام‌های ترکیه و چانه زنی انقره و واشنگتن برای استرداد فتح الله گولن به ترکیه، این روحانی ناراض ترک که از سال ۱۹۹۹ به این سو در تبعید خود خواسته در ایالات متحده به سر می‌برد، دست داشتن در کودتای ناکام اخیر در ترکیه را رد می‌کند.
