یک گروه شبه نظامیان پاکستانی هرگونه ارتباط با داکتر افریدی رد کرده اند که ایالات متحده را در ردیابی اسامه بن لادن کمک کرد.
اعضای گروه "لشکر اسلام" روز پنجشنبه گفتند که این گروه هیچ ارتباطی با داکتر شکیل افریدی ندارند. آنان افریدی را خائن و دشمن اسلام خوانده، گفتند که اگر فرصت برای آنان دست یابد داکتر شکیل را مجازات می کنند.
اسناد یک محکمۀ قبایلی که روز چهارشنبه به نشر رسید، نشان می دهد که محکمۀ خیبر ایجنسی، افریدی را به خاطر کمک به شبه نظامیان در منطقه محکوم کرده است. در حکم محکمه آمده است که این داکتر با قوماندانان "لشکر اسلام" ملاقات کرده و برای آنان تداوی طبی و کمک مالی فراهم کرده است.
افریدی از جانب محکمه به خاطر راه اندازی کمپاین واکسین دروغین و کمک به "سی آی ای" به 33 سال زندان محکوم شده بود.