وزیر داخلۀ ایران گفته است که آن کشور با "حجم گسترده‌ای از مهاجرت" مردم افغانستان روبرو است که به گفتۀ وی عدم شناسایی این مهاجران هم به خود شان و هم به حکومت ایران مشکل ساز است.
احمد وحیدی روز پنجشنبه ۲۸ اپریل (هشتم ثور) در نشستی در مورد سازماندهی مهاجران خارجی با اشاره به خروج قوای خارجی از افغانستان و مسلط شدن طالبان در آن کشور گفت که این وضعیت مشکلات فراوانی را برای مردم افغانستان ایجاد کرده و منجر به سیل مهاجرت به سمت ایران شده است.
آقای وحیدی گفت که حکومت ایران "به لحاظ مسایل انسانی" و "آموزه‌های" خود نتوانست با مهاجران افغان برخورد تند داشته باشد و مانع ورود آنان به خاک ایران شود، اما به گفتۀ او اکنون "شناسایی مهاجران افغان" اقدام بسیار مهم است و " نشناختن آنها هم برای آنان و هم برای مهاجران افغان مشکل ایجاد می‌کند".
وزیر داخلۀ ایران از مهاجران افغان خواست تا برای شناسایی به دفاتری که از قبل برای آنان مشخص شده است، مراجعه کنند. او گفت: "به همه اتباع افغانی که در این طرح شناسایی شرکت کنند، اقامت‌های موقت به آنها خواهیم داد و نگران نباشند."
به گفتۀ آقای وحیدی ممکن ویزای شمار زیاد افغان‌هایی که به تازه‌گی وارد ایران شده اند، منقضی شده باشد و هنوز هم آنان در آن کشور به سر ببرند. او هشدار داد که اگر مهاجران افغان به هر دلیلی از مراجعه به دفاتر ثبت نام و شناسایی آبا ورزند "این امکان وجود دارد که مهاجر تلقی نشوند و حتی ناچار می‌شویم سخت‌گیرانه رفتار کنیم".
با این‌حال، وزیر داخلۀ ایران مشخص نکرد که با مهاجران افغان که حاضر به ثبت نام در مراکز مشخص شده از سوی حکومت ایران نباشند چه رفتار "سخت‌گیرانه‌ای" صورت خواهد گرفت. هر چند در چند هفتۀ اخیر، روند اخراج اجباری مهاجران افغان از ایران نسبت به گذشته افزایش یافته است.
بر اساس آمار وزارت امور مهاجران و عودت کنندگان حکومت طالبان، از تاریخ ۲۳ تا ۲۹ حمل، به گونۀ اوسط روزانه ۲۰۰۰ مهاجر افغان از ایران به افغانستان برگشت داده شده اند که بیشتر آنان به گونۀ اجباری از ایران اخراج شده اند.
افزون بر تشدید روند اخراج اجباری مهاجران افغان، گزارش‌هایی از بدرفتاری و برخورد ناشایستهٔ مسوولان و شهروندان عادی ایران با مهاجران افغان مقیم آن کشور نشر شده است.
سروصداها در مورد بدرفتاری با مهاجران افغان پس از آن بالا گرفت که یک مهاجم که به گفتۀ مقام‌های ایرانی اوزبیک‌تبار است، روز سه شنبه پنجم اپریل (۱۶ حمل) با چاقو بر سه روحانی ایرانی در صحن حرم امام رضا در شهر مشهد حمله کرد. یک روحانی ایرانی در همان روز کشته و یک روحانی دیگر دو روز بعد جان سپرد. روحانی سوم زخمی شد.
وزیر داخلۀ ایران با اشارۀ غیر مستقیم به بدرفتاری با مهاجران افغان در ایران در پی رویداد مشهد گفت که "این صحنه‌ها و گزارش‌ها جعلی و ساختگی است" که به گفتۀ او "فضای نامناسبی" میان دو کشور ایجاد می‌کند. او گفت: "باوجود رفتارهای مغرضانه، آغوش ملت ایران برای پذیرش پناهندگان و مهاجرانیکه دچار مشکلات فراوان شدند باز بود."
بر اساس گزارش کمیشنری عالی سازمان ملل متحد در امور پناهندگان، پیش از سقوط کابل به دست طالبان ۳.۴ میلیون شهروند افغانستان در ایران زندگی میکردند که نزدیک به دو میلیون آن مهاجرین غیرقانونی اند. افزون بر آن تخمین زده می‌شود صدها هزار مهاجر دیگر افغان پس از مسلط شدن طالبان بر افغانستان، وارد ایران شده اند.
